1、生理因素：
由于前列腺腺泡表面有一层类脂质包膜，形成屏障，以及炎症所致纤维化、血液循环不良、感染病灶被瘢痕组织包裹等多种原因，致使大多数的抗菌药物难以透过包膜，进入腺体而达到有效的血药浓度。
2、前列腺腺管阻塞，炎性物质无法排出：
前列腺是男性副性腺，射精一次90％是前列腺液，10％才是精子，前列腺液富含丰富的营养，为精子提供养分与生存环境，也为细菌的滋生创造了条件；前列腺液要经过前列腺腺管(外周腺管) 排入尿道，前列腺腺管开口于后尿道，极易引起感染，入侵前列腺，当前列腺发生感染，很容易形成脓栓而填塞前列腺管，使混有炎性物质的前列腺液流出受阻，导致引流不通畅而淤滞于前列腺内，难以排出，炎症不易消退，即使已经杀死的细菌，也因不易排出体外而继续残留人体内产生危害，当人体抵抗力降低时，它又会死灰复燃，造成前列腺炎反复发作，迁延不愈。
3、治疗不当：
长期滥用抗生素，可导致菌群失调，使条件致病菌或耐药菌株增生，严重者可引起真菌二重感染，使前列腺炎反复发作；此外，由于前列腺炎多伴有多种病原体感染，如果忽视合理治疗，也可引起前列腺炎反复发作，不易治愈；再就是不恰当的前列腺注射及热疗导致前列腺组织硬化形成瘢痕，导致治疗困难。
4、患者自身因素：
长期熬夜、生活无规律、手淫、不洁性交、性交过频、中断性交、长途骑车、长期久坐、酗酒、嗜酸辣食物等不良的生活习惯，会加重症状，造成治愈困难；同时前列腺炎患者因久治不愈而产生心理问题，加重了抑郁及焦虑情绪，对治疗缺乏信心，思想负担过重，用药追求立竿见影，不能按疗程用药，症状减轻就自行停药，造成前列腺炎反复发作。
